<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">News of the Kabardino-Balkarian Scientific Center of the Russian Academy of Sciences</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">News of the Kabardino-Balkarian Scientific Center of the Russian Academy of Sciences</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Известия Кабардино-Балкарского научного центра РАН</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">1991-6639</issn><issn publication-format="electronic">2949-1940</issn></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">333183</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.35330/1991-6639-2025-27-4-70-84</article-id><article-id pub-id-type="edn">DPOYQK</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>Agrochemistry, agrosoil science, plant protection and quarantine</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>Агрохимия, агропочвоведение, защита и карантин растений</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Applicability assessment for seed endophytic fungal microbiome structure in the breeding of soft spring wheat</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Применимость оценки структуры микробиома эндофитных грибов семенного материала в селекции мягкой яровой пшеницы</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7353-7816</contrib-id><contrib-id contrib-id-type="spin">9937-6393</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Duksi</surname><given-names>F.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Дукси</surname><given-names>Ф.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="ru"><p>агроном испытательного лабораторного центра; аспирант аграрного факультета</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Agronomist Testing laboratory center; Postgraduate student </p></bio><email>f.duksi@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-2172-7634</contrib-id><contrib-id contrib-id-type="spin">2631-5209</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="ru"><surname>Бондаренко</surname><given-names>Г. Н.</given-names></name><name xml:lang="en"><surname>Bondarenko</surname><given-names>G. N.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Candidate of Biological Sciences, Senior Researcher, Head of the testing laboratory center; Associate Professor </p></bio><bio xml:lang="ru"><p>канд. биол. наук, стар. науч. сотр., начальник испытательного лабораторного центра; доцент</p></bio><email>f.duksi@gmail.com</email></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5072-4766</contrib-id><contrib-id contrib-id-type="spin">4167-4646</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="ru"><surname>Бурлуцкий</surname><given-names>В. А.</given-names></name><name xml:lang="en"><surname>Burlutskiy</surname><given-names>V. A.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Candidate of Agricultural Sciences, Senior Lecturer</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>канд. с.-х. наук,<bold> </bold>ст. преподаватель </p></bio><email>burlutskiy-va@rudn.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff3"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="spin">2744-1123</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="ru"><surname>Цветкова</surname><given-names>Ю. В.</given-names></name><name xml:lang="en"><surname>Tsvetkova</surname><given-names>Yu. V.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Researcher, Mycology Laboratory, Testing Laboratory Center</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>науч. сотр. лаборатории микологии<italic> </italic>испытательного лабораторного центра</p></bio><email>f.duksi@gmail.com</email></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0009-0007-4460-1077</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Dekin</surname><given-names>G. O.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Декин</surname><given-names>Г. О.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="ru"><p>науч. сотр. лаборатории микологии<italic> </italic>испытательного лабораторного центра</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Researcher, Mycology Laboratory, Testing Laboratory Center</p></bio><email>ghebrielokba@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="spin">5470-3052</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="ru"><surname>Давыдова</surname><given-names>Н. В.</given-names></name><name xml:lang="en"><surname>Davydova</surname><given-names>N. V.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Doctor of Agricultural Sciences, Head of the Laboratory of Selection and Primary Seed Production of Spring Wheat</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д-р с.-х. наук, зав. лабораторией селекции и первичного семеноводства яровой пшеницы</p></bio><email>f.duksi@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff4"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="ru">Всероссийский центр карантина растений</institution></aff><aff><institution xml:lang="en">All-Russian Plant Quarantine Center</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="ru">Российский университет дружбы народов имени Патриса Лумумбы</institution></aff><aff><institution xml:lang="en">Peoples' Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff3"><aff><institution xml:lang="en">Kaluga Research Agriculture Institute - branch of Russian Potato Research Centre</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Калужский НИИСХ - филиал ФИЦ картофеля имени А. Г. Лорха</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff4"><aff><institution xml:lang="ru">Федеральный исследовательский центр "Немчиновка"</institution></aff><aff><institution xml:lang="en">Federal Research Center "Nemchinovka"</institution></aff></aff-alternatives><content-language>ru</content-language><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2025-11-07" publication-format="electronic"><day>07</day><month>11</month><year>2025</year></pub-date><pub-date date-type="collection"><year>2025</year></pub-date><volume>27</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="ru">ТОМ 27, №4 (2025)</issue-title><issue-title xml:lang="en">VOL 27, NO4 (2025)</issue-title><fpage>70</fpage><lpage>84</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-10-18"><day>18</day><month>10</month><year>2025</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2025, Дукси Ф., Бондаренко Г.Н., Бурлуцкий В.А., Цветкова Ю.В., Декин Г.О., Давыдова Н.В.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2025, Duksi F., Bondarenko G.N., Burlutskiy V.A., Tsvetkova Y.V., Dekin G.O., Davydova N.V.</copyright-statement><copyright-year>2025</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Дукси Ф., Бондаренко Г.Н., Бурлуцкий В.А., Цветкова Ю.В., Декин Г.О., Давыдова Н.В.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Duksi F., Bondarenko G.N., Burlutskiy V.A., Tsvetkova Y.V., Dekin G.O., Davydova N.V.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journals.rcsi.science/1991-6639/article/view/333183">https://journals.rcsi.science/1991-6639/article/view/333183</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>The paper presents the research outcomes for community structure of the endophytic fungi in the seed of some new highly productive genotypes in soft spring wheat, created using complex breeding and genetic methodologies: haplo-biotechnology, the ecological and geographical selecting parental forms in the design of complex spring-winter hybrids (ecological valents), to reveal the possibility of evaluating breeding material when breeding new commercial varieties.</p> <p>Aim. To investigate the endophytic community (pathogenic and non-pathogenic), in wheat seeds to determine the feasibility of this type of evaluation to assess resistance to fungal diseases, as well as to understand the complex interactions between these fungi, plants and the environment.</p> <p>Materials and methods. Genotypes of soft spring wheat created using modern breeding and genetic approaches (haplo-biotechnology, ecological and geographical selection of parental pairs in the construction of complex spring-winter hybrids). A microbiological technique is used (isolating the pathogen on a growth medium, obtaining a pure culture), which includes morphological identification (microscopy). The initial diagnosis is confirmed using polymerase chain reaction (PCR) based on primers developed for the (ITS) region, followed by Sanger sequencing.</p> <p>Results. Differences are shown in the community structure of endophytic fungi in the seed material, depending on the breeding lines (genotypes) of spring wheat. 7 species of fungi belonging to 5 genera are identified. Pathogenic fungi from the genera Fusarium and Alternaria, as well as non-pathogenic fungi from Trichoderma and Clonostachys, are found among them.</p> <p>Conclusions and recommendations. The results of this study contribute to a broader understanding of the formation of beneficial endophytic communities in agriculture and breeding (selection of resistant wheat varieties, which would reduce the need for pesticides). The study of such fungi is a promising area of research for the breeding of soft wheat.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>В работе представлены результаты изучения структуры сообщества эндофитных грибов семенного материала некоторых новых высокопродуктивных генотипов мягкой яровой пшеницы, созданных с применением комплексных селекционно-генетических методических подходов: гапло-биотехнологии, эколого-географический принцип подбора родительских форм при конструировании сложных ярово-озимых гибридов (экологические валенты), для раскрытия возможности проведения оценок селекционного материала при выведении новых коммерческих сортов.</p> <p>Цель исследования - изучение сообщества эндофитных грибов (патогенных и непатогенных) в семенном материале пшеницы для определения возможности применимости такого рода оценки в селекции на устойчивость к грибным патогенам, а также для понимания их сложных взаимодействий с растениями и окружающей средой.</p> <p>Материалы и методы. Генотипы мягкой яровой пшеницы, созданные с применением современных селекционно-генетических подходов (гапло-биотехнологии, эколого-географического метода подбора родительских пар при конструировании сложных ярово-озимых гибридов). Применен микробиологический метод (выделение возбудителя на питательную среду, получение чистой культуры), включая идентификацию морфологическим методом (микроскопия). Результаты первичной диагностики подтверждены применением полимеразной цепной реакции (ПЦР), основывающейся на использовании праймеров, разработанных на участок ITS-гена, с последующим секвенированием по Сэнгеру.</p> <p>Результаты. Показаны различия в архитектуре сообществ эндофитных грибов семенного материала в зависимости от генотипа селекционных линий мягкой яровой пшеницы. Идентифицированы 7 видов грибов, относящихся к 5 родам. Среди них обнаружены как патогенные из родов Fusarium и Alternaria, так и непатогенные грибы из Trichoderma и Clonostachys.</p> <p>Выводы и рекомендации. Результаты данного исследования являются частью комплексного подхода и способствуют изучению формирования полезных эндофитных сообществ для использования в сельскохозяйственных и селекционных целях (подбор устойчивых сортов пшеницы и сокращение использования пестицидов). Изучение таких грибов - перспективное направление в селекции мягкой пшеницы.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>селекция</kwd><kwd>защита растений</kwd><kwd>пшеница мягкая яровая</kwd><kwd>сорт</kwd><kwd>эндофитные микроорганизмы</kwd><kwd>грибы</kwd><kwd>фузариоз колоса</kwd><kwd>микроскопирование</kwd><kwd>секвенирование по Сэнгеру</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>breeding</kwd><kwd>plant protection</kwd><kwd>soft spring wheat</kwd><kwd>cultivar</kwd><kwd>endophytic microorganisms</kwd><kwd>fungi</kwd><kwd>Fusarium head blight</kwd><kwd>microscopy</kwd><kwd>Sanger sequencing</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Шалаева Л. В. Мировой и российский рынок зерна: оценка тенденций и перспектив // Продовольственная политика и безопасность. 2023. Т. 10. No 2. С. 287-302. DOI: 10.18334/ppib.10.2.117014</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Словарева О. Ю. Анализ производства и экспорта российского зерна и составление перечня регулируемых фитосанитарными требованиями стран-импортеров возбудителей бактериозов зерновых культур // Аграрный вестник Северного Кавказа. 2023. No 3(51). С. 47-54. DOI: 10.31279/2949-4796-2023-3-51-47-54</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Мальчиков П. Н., Мясникова М. Г. Развитие селекции яровой твердой пшеницы в России (странах бывшего СССР), результаты и перспективы // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. Т. 27. No 6. С. 591-608. DOI: 10.18699/VJGB-23-71</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Ген А. А., Бурлуцкий В. А., Грингоф И. Г. и др. Фотометрический и ультразвуковой методы оценки состояния посевов ячменя // Гидрометеорология и образование. 2025. No 1. С. 76-93. EDN: LBNGJM</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Gagkaeva T., Gavrilova O., Orina A. et al. Analysis of toxigenic fusarium species associated with wheat grain from three regions of Russia: Volga, Ural, and West Siberia. Toxins. 2019. Vol. 11. No. 5. P. 252. DOI: 10.3390/toxins11050252</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Пигалов А. В., Соловьев А. А., Гарибян Ц. С. Влияния грибов рода Fusarium на урожайность и качество пшеницы и тритикале и возможности использования РНК-интерференции и малых РНК в борьбе с грибными заболеваниями // Международный конгресс "VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы". Сборник тезисов. Санкт-Петербург, 2024. С. 663.</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Чумаков А. Е., Минкевич И. И., Власов Ю. И., Гаврилова Е. А. Основные методы фитопатологических исследований. М.: Колос, ВНИИЗР, 1974. С. 131-139.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>EPPO Standard PM 7/86 (1). EPPO Bulletin. 2009. Vol. 39. Pp. 18-24. DOI: 10.1111/j.1365-2338.2009.02245.x</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>White T., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Protocols, a Guide to Methods and Applications. San Diego: Academic Press. 1990. Pp. 315-322. DOI: 10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Кузнецова А. А., Цветкова Ю. В., Камченков А. В. Культурально-морфологические особенности возбудителя Diaporthe vaccinii в подкарантинной продукции - растениях клюквы // Фитосанитария. Карантин растений. 2021. No 2. С. 27-36. DOI: 10.69536/FKR.2021.49.45.001</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Белкин Д. Л., Бондаренко Г. Н., Яремко А. Б., Уварова Д. А. Метод секвенирования по видам выявления карантинных вредных объектов // Карантин растений. Наука и практика. 2019. No 2(28). С. 31-34.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Rauwane M.E., Ogugua U.V., Kalu C.M. et al. Pathogenicity and virulence factors of fusarium graminearum including factors discovered using next generation sequencing technologies and proteomics. Microorganisms. 2020. Vol. 8. No. 2. P. 305. DOI: 10.3390/microorganisms8020305</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Bianchini A., Battilani P. Climate change and Fusarium mycotoxins: A review of trends and predictions. Food Additives &amp; Contaminants: Part A. 2021. Vol. 38. No. 6. Pp. 943-954. DOI: 10.1080/19440049.2021.1914864</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Gizachew H.R. Harnessing and sounding the alarm on fusarium head blight of wheat: current status, biology, detection and diagnosis method, mycotoxins, and integrated management options. Greener Journal of Agricultural Sciences. 2023. Vol. 13. No. 4. Pp. 227-243.</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Awuchi C.G., Ondari E.N., Ogbonna C.U. et al. Mycotoxins affecting animals, foods, humans, and plants: types, occurrence, toxicities, action mechanisms, prevention, and detoxification strategies - a revisit. Foods. 2021. Vol. 10. No. 6. P. 1279. DOI: 10.3390/foods10061279</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Türkölmez Ş., Özer G., Derviş S. Clonostachys rosea Strain ST1140: An endophytic plant-growth-promoting fungus, and its potential use in seedbeds with wheat-grain substrate. Current Microbiology. 2022. Vol. 80. No. 1. P. 36. DOI: 10.1007/s00284-022-03146-3</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Zin N.A., Badaluddin N.A. Biological functions of Trichoderma spp. for agriculture applications. Annals of Agricultural Sciences. 2020. Vol. 65. No. 2. Pp. 168-178. DOI: 10.1016/j.aoas.2020.09.003</mixed-citation></ref><ref id="B18"><label>18.</label><mixed-citation>Bernal S.P.F., Gritti M.A., Dos Santos V.P. et al. Pharmaceutical biotechnological potential of filamentous fungi isolated from textile industry. Archives of Microbiology. 2021. Vol. 203. No. 7. Pp. 3933-3944. DOI: 10.1007/s00203-021-02379-3</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
